內部控制方面存在著許多漏洞和不足，總結主要存在以下幾個方面：

（一）缺乏內部牽制的理念許多企業受企業規模和所有制形式的限制，管理方面的視野和境界相對較弱，對于如何建立一個合理的權責分配體系和內部牽制制度的認識不成熟，有的甚至不了解不相容職務的相關概念，許多企業管理人員更多的是憑借經驗工作，信任誰就讓誰干，沒有考慮到對員工進行監督和限制，更沒有考慮不相容職務分離控制管理。

（二）不相容職務設置不完善部分企業能夠結合本企業實際情況設置不相容職務，但設置的不規范、不完善。不相容職務一般包括：授權批準與業務經辦、業務經辦與會計記錄、會計記錄與財產保管、業務經辦與稽核檢查、授權批準與監督檢查等。有的企業會計崗位設置不當，業務交叉太多，會計人員兼職過多。有的企業不相容職務設置缺乏系統性，不能覆蓋各類資產和各種業務事項，管理效應也層層弱化。

（三）授權批準控制程序存在漏洞。企業內部控制的一個重要環節就是授權批準控制，應該明確各個部門和各個崗位辦理業務的權限范圍和相關的審批程序、責任等。在企業的日常管理中，授權批準制度的控制主要體現在對審核批準的控制上，就是要求企業的各個崗位按照規定的程序來復核和審查相關經濟事項或經濟業務的合規性、真實性以及相關資料的真實性和完整性，并作出批準或者不批準的決定。當前，我國的很多企業都存在著授權批準控制不健全的現象，例如：授權批準帶有較大的隨意性、授權批準的程序不夠完善等，這些都可能引發嚴重的經營風險和財務風險。

（四）內部控制制度執行乏力現階段，國內很多企業雖然制定了相關的內部控制制度，但是在實際執行的過程中，由于人員素質不高、管理層不夠重視等多方面的原因，使得內部控制制度得不到應有的執行，內部控制制度形同虛設，不能發揮應有的控制作用。例如：有些企業為了應付上級檢查或者是滿足信息披露的要求，表面上制定了一系列的內部控制制度，但是這些制度并沒有在生產經營中落到實處。另外，很多企業的管理層把精力都放在了產品更新換代或者開拓市場上，將企業的內部控制擱置起來，只是在企業經營出現重大問題的時候，才想起實施內部控制。